Phù Dao Hoàng Hậu là câu chuyện về Mạnh Phù Dao (Dương Mịch), một cô gái kiên cường, thông minh và tài trí, người có mục tiêu thu thập "mật lệnh" của Ngũ Châu. Để thực hiện mục tiêu này, nàng phải đối mặt với vô vàn hiểm nguy. Trên con đường đầy thử thách ấy, Phù Dao gặp gỡ Trưởng Tôn Vô Cực (Nguyễn Kinh Thiên), một chàng trai đầy tài năng và hết lòng giúp đỡ nàng.
Cả hai đã sát cánh bên nhau, đồng lòng dẹp bỏ những âm mưu soán ngôi của Nhiếp chính vương nước Thái Uyên, bảo vệ biên cương, và đối đầu với kẻ xâm lược phương Nam. Trong suốt hành trình, họ cũng liên kết với Liệt vương Chiến Bắc Dã của nước Thiên Sát để lấy lại quyền lực cho vương triều, cùng nhau công nhận thân phận nữ vương của Phù Dao.
Bộ phim không chỉ mang đến những cuộc chiến tranh đấu căng thẳng mà còn làm nổi bật tình cảm sâu đậm giữa Phù Dao và Trưởng Tôn Vô Cực, khi họ vượt qua mọi khó khăn, cùng nhau xây dựng lại vương quyền. Sự kết hợp giữa yếu tố chính trị, chiến tranh và tình cảm lãng mạn tạo nên một câu chuyện đầy hấp dẫn, lôi cuốn khán giả từ đầu đến cuối.