Trong Dr. Stone Season 3 (Dr. Stone - Mùa 3), Senku và các cộng sự của mình đã thành lập một thành phố khoa học mới, Ishigami Village, và bắt đầu phát triển công nghệ mới. Tuy nhiên, họ sớm nhận ra rằng họ không phải là những người duy nhất sống sót sau sự kiện hóa đá. Một nhóm người khác, được gọi là Tsukasa Empire, cũng đang cố gắng xây dựng lại nền văn minh nhân loại. Tuy nhiên, Tsukasa Empire là một đế chế quân sự, và họ tin rằng chỉ những người mạnh mẽ và khỏe mạnh mới xứng đáng tồn tại.
Senku và Tsukasa Empire đại diện cho hai thái cực đối lập của nhân loại: Senku tin tưởng vào sự phát triển và tiến bộ của khoa học, trong khi Tsukasa tin tưởng vào sức mạnh của bản năng và sức mạnh thể chất. Cuộc xung đột giữa hai người sẽ quyết định tương lai của loài người.