Bộ phim B: The Beginning Season 2 (B: Sự Khởi Đầu - Mùa 2) lấy bối cảnh tại một thế giới giả tưởng nơi công nghệ tiên tiến kết hợp với phép thuật. Keith Flick, một thám tử tài năng, đang điều tra một loạt vụ án giết người bí ẩn. Các nạn nhân đều bị giết bởi một kẻ giết người bí ẩn được biết đến với cái tên "Killer B". Trong khi đó, Koku, một thanh niên có khả năng điều khiển lửa, đang bị truy đuổi bởi chính phủ. Koku là một người đột biến, và chính phủ sợ rằng anh ta có thể trở thành một mối đe dọa. Keith và Koku sớm gặp nhau và bắt đầu hợp tác để ngăn chặn Killer B. Tuy nhiên, họ sớm nhận ra rằng Killer B không phải là mối đe dọa duy nhất mà họ phải đối mặt.