A Discovery of Witches Season 2 (Mật Mã Phù Thủy - Mùa 2) tiếp tục câu chuyện của Diana Bishop và Matthew Clairmont, khi họ du hành về quá khứ đến London vào thời kỳ Elizabeth (thế kỷ 16) để tìm hiểu thêm về phép thuật và tìm cuốn sách ma thuật Ashmole 782. Trong bối cảnh lịch sử đầy biến động này, Diana cố gắng học cách kiểm soát và phát triển sức mạnh của mình dưới sự hướng dẫn của các phù thủy quyền năng thời bấy giờ. Trong khi đó, ở hiện tại, bạn bè và đồng minh của họ, bao gồm Sarah Bishop và Emily Mather, đang đối mặt với những nguy hiểm đến từ Hội đồng phù thủy và các thế lực thù địch khác. Cả hai dòng thời gian đều đặt ra nhiều thử thách và hiểm nguy cho Diana và Matthew, khi họ phải tìm cách bảo vệ bản thân và cuốn sách bí ẩn.